ATGTİ-nin ali orqanı Qurultaydır. Qurultay 2 ildən bir çağırılır və burada İttifaqın Sədri və Əlaqələndirmə Şurasının üzvləri seçilir. Əlaqələndirmə Şurası İttifaqın qərararverici orqanı olub Tələbə Gənclər Təşkilatının 109 sədri və 20 sədr müavinini özündə birləşdirir. Ələqələndirmə Şurasının səlahiyyətləri sırasına İdarə Heyətinin üzvlərinin və ATGTİ sədrinin təqdimatına əsasən sədr müavinlərinin seçimi aiddir. İdarə heyəti 19 nəfərdən təşkil olunur. İttifaqın sədri eyni zamanda İdarə Heyətinin sədri, sədr müavinləri İdarə heyətinin sədr müavinləridir. İdarə Heyəti qərarverici orqandır. ATGTİ-nin sədri Qərarverici orqan olan İdarə Heyəti və İcraçı orqana ümumi rəhbərliyi həyata keçirir. İttifaqın İcraçı orqanları Deparamentlərdir. İcraçı strukturun fəaliyyətinə İcraçı Direktor rəhbərlik edir. Departement Direktorları öz profilləri üzrə işlərin icrasına rəhbərlik edirlər.

Beynəlxalq əlaqələr Departamenti İttifaqın Beynəlxalq qurumlar, xarici tələbə təşkilatlarıyla əlaqələrinin qurulmasını, beynəlxalq tədbirlərin təşkilini həyata keçirir. İctimaiyyətlə əlaqələr Departamenti İttifaqın keçirdiyi tədbirlər, layihələr barədə ictimaiyyətin məlumatlandırlmasını təmin edir. Layihələr Departamenti ATGTİ-nin müxtəlif istiqamətli layihələrinin hazırlanması və İdarə olunmasını həyata keçirir, İşçi Qrupların işini koordinasiya edir, fand-reyzinq (maliyyə vəsaitinin toplanması) fəaliyyətini təmin edir. İnsan Resursları Departamenti Tələbə Gənclər Təşkilatlarına üzvlük məsələləri, İttifaqın qərarverici və icraçı orqanlarının heyət üzvlərinin uçotu, ATGTİ-nin İnsan resurslarının idarə olunmasını həyata keçirir. Elm və Təhsil Departamenti formal, qeyri-formal təhsil, olimpiadalar, müxtəlif mövzularda seminarlar, dəyirmi masalar, elmi proqramların, tədbirlərin hazırlanması və reallaşdırılmasını həyata keçirir. İnformasiya Texnologiyaları Departamenti İttifaqın saytının işlənməsi və İT sahəsində proqramların həyata keçiriliməsini təmin edir.

Digər icra orqanlarına aşağıdakılar daxildir:

Mühasibat tədbirlərə maliyyə vəsaitinin ayrılması, işçilərin əmək haqqlarının ödənməsini həyata keçirir. Ofis meneceri ATGTİ-nin ofisinin bütün vəsaitlərlə təmini, ofisin idarə olunmasını təmin edir. ATGTİ-nin tərkibində müxtəlif profilli İşçi Qrupları fəaliyyət göstərir. İQ-ların hər biri öz profili üzrə tədbirlər təşkil edir. İşçi Qrupların fəaliyyəti ATGTİ-nin nizamnaməsi və İşçi Qrupların öz əsasnamələri ilə nizamlanır.

Nəzarət-Təftiş Komissiyası 5 nəfərdən ibarətdir və Əlaqələndirmə Şurası üzvləri arasından seçilir. İttifaqın orqanlarının işinə nəzarət edir və hesabatları dinləyir. NTK-ya Komissiya Sədri rəhbərlik edir.